1. Narušení ekosystému: Výstavba vodních přehrad může vést k významným změnám v přirozeném říčním ekosystému. Může narušit migraci ryb, změnit teplotu a průtok vody a ovlivnit stanoviště po proudu, což může poškodit vodní druhy a biologickou rozmanitost.
2. Vysídlení místních komunit: Výstavba vodních elektráren může vyžadovat vysídlení místních komunit žijících v oblasti, kde je přehrada postavena. To může vést k sociálnímu, ekonomickému a kulturnímu narušení těchto komunit.
3. Sedimentace a zanášení nádrží: V průběhu času se mohou sedimenty hromadit v nádržích za přehradami, což snižuje jejich skladovací kapacitu a ovlivňuje celkovou účinnost projektu vodní elektrárny. Sedimentace může také vést k problémům po proudu, jako jsou zvýšené záplavy nebo poškození infrastruktury.
4. Emise metanu: Za určitých podmínek mohou nádrže vytvořené přehradami vodních elektráren uvolňovat do atmosféry metan, silný skleníkový plyn. To může přispět ke změně klimatu a popřít některé ekologické přínosy vodní energie.
5. Vizuální dopad: Velké projekty vodních elektráren mohou mít podstatný vizuální dopad na okolní krajinu, měnit přírodní výhledy a ekosystémy. To může mít negativní důsledky pro cestovní ruch a celkovou estetickou hodnotu území.
6. Náklady a financování: Výstavba vodních elektráren může být nákladná a vyžaduje značné počáteční investice. Financování a financování může být náročné, zejména u velkých projektů, a mohou existovat rizika spojená s dlouhodobou životaschopností a dobou návratnosti.
7. Omezená vhodnost stránek: Ne všechny lokality jsou vhodné pro výstavbu vodních elektráren. Pro účinnou výrobu energie jsou nutné specifické geografické a hydrologické podmínky, které omezují široké využívání vodní energie.
Navzdory těmto potenciálním nevýhodám zůstává hydroelektrická energie celosvětově významným zdrojem obnovitelné energie a neustále se vyvíjí úsilí o minimalizaci negativních dopadů a zajištění udržitelných postupů při jejím rozvoji a provozu.