Vozy na CNG mají samostatný palivový systém, který obsahuje nádrž na CNG, regulátor tlaku a vstřikovač paliva. CNG nádrž uchovává stlačený zemní plyn pod vysokým tlakem. Když motor potřebuje palivo, regulátor tlaku sníží tlak CNG a vstřikovač paliva jej rozpráší do válců motoru, kde se smísí se vzduchem a zapálí se, čímž dojde ke spalování a pohonu vozidla.
Benzinové vozy mají naproti tomu palivový systém, který je určen pro benzín. Benzín je uložen v palivové nádrži a je čerpán palivovým potrubím do vstřikovače paliva motoru. Vstřikovač paliva vstřikuje benzin do válců motoru, kde se smísí se vzduchem a zapálí, aby došlo ke spalování a pohonu vozidla.
Přestože není možné, aby auta na CNG mohla jezdit na benzin bez výrazných úprav, jsou k dispozici některá dvoupalivová vozidla, která mohou jezdit jak na CNG, tak na benzin. Tato vozidla mají dva samostatné palivové systémy a mohou mezi palivy přepínat v závislosti na dostupnosti nebo preferencích.
