* Různé bloky motoru a hlavy: Motor DOHC (double overhead cam) motoru Cobra se výrazně liší od motoru V6 SOHC (single overhead cam). Mají různé blokové odlitky, odlitky hlav a prakticky všechny vnitřní součásti. Nemůžete jen tak přišroubovat motor Cobra do motorového prostoru V6.
* Kabelový svazek a počítač: Počítač motoru (PCM) a kabelový svazek jsou zcela odlišné a nekompatibilní. Potřebovali byste speciální postroj Cobra a PCM.
* Přenos: Cobra měla pravděpodobně jinou převodovku (pravděpodobně T-45 nebo Tremec 3650) než váš Mustang V6 (pravděpodobně AODE nebo podobný automat). Možná budete muset změnit přenosy.
* Montážní body: I když se vám nějakým způsobem podaří motor namontovat, montážní body pravděpodobně nebudou zarovnané. Byly by potřeba vlastní držáky motoru.
* Výfukový systém: Výfukový systém bude samozřejmě potřeba vyměnit.
* Hnací hřídel: Délka hnacího hřídele bude pravděpodobně nesprávná.
Stručně řečeno, toto není výměna šroubů. Jedná se o zásadní výměnu motoru, která vyžaduje značnou výrobu, zakázkové díly a hluboké znalosti automobilové mechaniky. Je to projekt daleko za hranicemi jednoduchého swapu a byl by neuvěřitelně drahý a časově náročný. Pravděpodobně by bylo lepší najít nabourané GT z roku 1997 s dobrým motorem nebo koupit úplně jiné auto.