Motory CB900 a CB1000 nejsou zaměnitelné. Zatímco oba motory vyrábí Honda, výrazně se liší z hlediska designu a výkonu. Motor CB900 je vzduchem chlazený řadový čtyřválec o objemu 900 ccm, zatímco motor CB1000 je kapalinou chlazený řadový čtyřválec o objemu 1 000 ccm. Motor CB1000 navíc obsahuje několik pokročilých technologií, jako je vstřikování paliva a elektronické zapalování, které u motoru CB900 nejsou.
Rozměry a montážní body motorů CB900 a CB1000 jsou také odlišné, což ztěžuje instalaci motoru CB900 do motocyklu CB1000.