* Velikost a tvar prostoru motoru: Motorový prostor Mustangu z roku 1966 je menší a jinak tvarovaný než Mustang s karoserií Fox. Budou zapotřebí významné úpravy, pravděpodobně včetně úprav firewallu, vlastních držáků motoru a potenciálně i úprav podpěry chladiče.
* Přenos: Převodovka z Mustangu z roku 1990 se nemusela přímo připojit k hnacímu ústrojí Mustangu z roku 1966. Možná budete potřebovat adaptér nebo úplně jinou převodovku.
* Kabelový svazek: Kabelový svazek motoru z roku 1990 je navržen pro vlastní systém. Budete jej muset upravit nebo vyměnit, aby fungoval s elektrickým systémem Mustangu z roku 1966. To je složitý úkol.
* Výfukový systém: Výfukový systém bude muset být vyroben na zakázku, aby vyhovoval novému motoru a podvozku Mustangu z roku 1966.
* Chladicí systém: Chladicí systém motoru z roku 1990 nemusí být kompatibilní s chladičem Mustangu z roku 1966 a dalšími součástmi. Úpravy budou pravděpodobně nutné.
* Ovládání počítače: 5.0L z roku 1990 pravděpodobně používá ovládání počítačem (Mass Airflow). To bude potřeba vyřešit buď použitím samostatného systému řízení motoru nebo rozsáhlým přeinstalováním a úpravami.
Stručně řečeno, i když to lze provést, je to velký projekt, který vyžaduje značné výrobní, mechanické a elektrické dovednosti. Není to něco, o co by se měl nováček pokoušet. Pravděpodobně budete potřebovat značné odborné znalosti a dobře vybavenou dílnu. Při této výměně je k dispozici mnoho náhradních dílů, ale stále to zůstává složitý úkol.