Používání bionafty v autě může vyžadovat určité úpravy nebo kontroly kompatibility. Starší vznětové motory mohou vyžadovat úpravy, aby se přizpůsobily odlišným vlastnostem a mazacím charakteristikám bionafty. Moderní dieselová vozidla jsou však obecně kompatibilní se směsmi bionafty do určitého procenta, jak uvádí výrobce. Před použitím bionafty si vždy přečtěte uživatelskou příručku vašeho vozu nebo se poraďte s odborníkem, abyste zajistili kompatibilitu a předešli případným problémům.